ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with High-Throughput Sequencing）是利用高活性轉(zhuǎn)座酶Tn5探究染色質(zhì)可接近性的高通量測序技術。具體來說就是利用轉(zhuǎn)座酶Tn5來捕獲全基因組范圍內(nèi)開放性染色質(zhì)，再通過高通量測序及生物信息學分析來挖掘相關基因和順式調(diào)控元件信息，以此探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關問題。
※ATAC-seq與RNA-seq、CUT&Tag等多組學和多技術聯(lián)合分析，獲取基因表達與上游調(diào)控元件、轉(zhuǎn)錄因子的關聯(lián)信息，解析轉(zhuǎn)錄因子靶向調(diào)控變化機制。
一站式服務：提供樣品處理、ATAC建庫、測序和分析的全套服務。
新鮮或凍存動物組織樣本：≥100mg。
技術流程
實測數(shù)據(jù)
經(jīng)典案例
自然殺傷細胞中全局細胞因子信號網(wǎng)絡的解構(gòu)：
利用信號轉(zhuǎn)導因子和轉(zhuǎn)錄激活蛋白（STAT）的細胞因子信號轉(zhuǎn)導對于自然殺傷（NK）細胞的最佳抗病毒反應至關重要。采用了ATAC-seq、RNA-seq和ChIP-seq多組學方法解構(gòu)和重建NK細胞中多種細胞因子信號通路的復雜互作，發(fā)現(xiàn)促炎細胞因子和穩(wěn)態(tài)細胞因子形成協(xié)同軸，共同調(diào)節(jié)整體基因表達并進一步抑制由 I 型干擾素信號傳導誘導的表達，這些細胞因子通過STAT蛋白和集體信號介導不同的表觀遺傳調(diào)控模式，最佳地概括了全局抗病毒反應。
參考文獻：Wiedemann G M, Santosa E K, Grassmann S, et al. Deconvoluting global cytokine signaling networks in natural killer cells[J]. Nature immunology, 2021, 22(5): 627-638.
