華銀精準(zhǔn)醫(yī)療服務(wù)——免疫組庫(kù)測(cè)序及分析
2016-06-17 閱讀數(shù)：15964
免疫組庫(kù)(Immune Repertoire，IR)是指某個(gè)個(gè)體在任何特定時(shí)間點(diǎn)其循環(huán)系統(tǒng)中所有功能多樣性B淋巴細(xì)胞和T淋巴細(xì)胞的總和。T細(xì)胞和B細(xì)胞分別介導(dǎo)機(jī)體的細(xì)胞免疫和體液免疫應(yīng)答，分別通過其表面的T細(xì)胞受體（TCR）和B細(xì)胞受體（BCR）來(lái)識(shí)別和結(jié)合抗原，進(jìn)而發(fā)揮功能清除病原體或體內(nèi)腫瘤細(xì)胞。免疫組庫(kù)是機(jī)體免疫系統(tǒng)的完全反映，對(duì)免疫組庫(kù)分析，可以全面評(píng)估機(jī)體的免疫狀態(tài)。
免疫組庫(kù)測(cè)序應(yīng)用
免疫組庫(kù)的全面測(cè)序?yàn)槊庖呓M庫(kù)多樣性變化特點(diǎn)的生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)、腫瘤等疾病療效預(yù)測(cè)、疾病的易感性和抵抗性、感染性疾病及疫苗研究等方面帶來(lái)重要進(jìn)展。其中，在癌癥疫苗單獨(dú)用于微小殘留病的治療方面，通過探索阻滯免疫檢測(cè)點(diǎn)或運(yùn)用免疫刺激劑的方式應(yīng)用于轉(zhuǎn)移性疾病的治療，嘗試多種聯(lián)合方式，如化療藥物+疫苗、疫苗+生物標(biāo)志物、疫苗+IL微粒、疫苗+佐劑等，最終設(shè)計(jì)優(yōu)化出能夠取得長(zhǎng)期臨床效應(yīng)的集成免疫治療方案。例如，在微小殘留病檢測(cè)方面，白血病治療后，常有微小殘留病，流式細(xì)胞術(shù)基本檢測(cè)不到。利用高通量測(cè)序分析免疫組庫(kù)監(jiān)控，對(duì)比正常人群的免疫組庫(kù)和白血病病人的免疫組庫(kù)序列，通過大數(shù)據(jù)分析找出白血病相關(guān)致病克隆，可以相對(duì)精確地判斷出病人體內(nèi)白血病細(xì)胞數(shù)量，從而及時(shí)指導(dǎo)白血病的臨床治療及用藥。
免疫組庫(kù)高通量測(cè)序是通過多重PCR或5′RACE法擴(kuò)增TCR/BCR全長(zhǎng)或CDR3區(qū)序列（主要是TCR的β鏈或BCR的重鏈），再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)機(jī)體免疫組庫(kù)的多樣性及每種T、B細(xì)胞克隆的獨(dú)特性序列組成和變化進(jìn)行分析，從而全面評(píng)估機(jī)體的免疫狀態(tài)，明確疾病與T、B細(xì)胞克隆組成及變化之間的關(guān)系。免疫組庫(kù)高通量測(cè)序技術(shù)強(qiáng)大的信息通量可大大提高抗原特性異TCR和BCR鑒別的效率和準(zhǔn)確性，結(jié)合免疫組庫(kù)高通量測(cè)序技術(shù)的特異性TCR/BCR鑒別技術(shù)必將得到廣泛應(yīng)用和快速發(fā)展，并大大提速免疫治療領(lǐng)域的進(jìn)展。
廣州華銀健康科技有限公司腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療高通量測(cè)序公共服務(wù)平臺(tái)，圍繞腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療開發(fā)出了系列針對(duì)實(shí)體瘤藥物靶標(biāo)基因檢測(cè)、遺傳性腫瘤基因檢測(cè)、血液腫瘤分子病理檢測(cè)、腫瘤基因組檢測(cè)、循環(huán)腫瘤DNA檢測(cè)、免疫組庫(kù)（TCR、BCR）高通量測(cè)序及分析等項(xiàng)目研發(fā)技術(shù)流程，并建立對(duì)應(yīng)的技術(shù)流程及實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)化管理體系，定期開展國(guó)家衛(wèi)計(jì)委室間質(zhì)評(píng)活動(dòng)。
服務(wù)包括：
1）測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估：去除原始數(shù)據(jù)（raw data）中的無(wú)效序列，獲得有效測(cè)序數(shù)據(jù)（clean data）
2）克隆的鑒定與計(jì)數(shù)：與IMGT數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，確定V、D、J基因片段，并對(duì)克隆進(jìn)行鑒定，去除組庫(kù)擴(kuò)增及高通量測(cè)序過程中引入的錯(cuò)誤序列，對(duì)得到的可信序列計(jì)數(shù)，并以EXCEL表格的形式提供給研究者（如表1），便于研究者結(jié)合項(xiàng)目的臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行深入的分組分類統(tǒng)計(jì)分析，如比較疾病組與對(duì)照組V、J等基因種類組成的差異。
表1. 文庫(kù)測(cè)序結(jié)果分類計(jì)數(shù)
3）不同V/D/J基因使用頻率：對(duì)每個(gè)樣本中鑒定到的V、D、J基因進(jìn)行計(jì)數(shù)和頻率的計(jì)算并繪圖（如圖1），統(tǒng)計(jì)分析找出頻率上有顯著差異的V、D、J基因，并以EXCEL表格的形式提供給研究者，便于進(jìn)一步分類統(tǒng)計(jì)分析。
圖1. V基因使用頻率
4）不同V/D/J基因組合頻率：對(duì)每個(gè)樣本中鑒定到的V和J基因組合以及V、D和J基因組合進(jìn)行計(jì)數(shù)和頻率的計(jì)算，統(tǒng)計(jì)分析找出頻率上有顯著差異的V和J基因組合以及V、D和J基因組合，并以EXCEL表格的形式提供給研究者（如下圖），便于進(jìn)一步分類統(tǒng)計(jì)分析。
表2.V和J基因組合
表3.V、D和J基因組合
5）獨(dú)特克隆型頻率：對(duì)每個(gè)樣本中鑒定到的獨(dú)特克隆型（unique clonotype）CDR3核苷酸及氨基酸序列進(jìn)行計(jì)數(shù)和頻率的計(jì)算，并以EXCEL表格的形式提供給研究者（表1），便于研究者結(jié)合樣本的臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行深入的分組分類統(tǒng)計(jì)分析，如獨(dú)特CDR3克隆型數(shù)量的差異、獨(dú)特克隆型數(shù)量與臨床資料包括年齡性別等的差異等。對(duì)每個(gè)樣本獨(dú)特CDR3克隆所占百分比頻率繪圖，統(tǒng)計(jì)前5個(gè)最高頻率克隆所占比例（圖2）。
圖2.獨(dú)特CDR3克隆所占百分比頻率
6）CDR3長(zhǎng)度分布：對(duì)每個(gè)樣本中鑒定到的獨(dú)特克隆型，分析其CDR3氨基酸的長(zhǎng)度分布（圖3）。
圖3.CDR3氨基酸的長(zhǎng)度分布
7）樣本間CDR3氨基酸序列的相關(guān)性、相似性和多樣性評(píng)估：根據(jù)樣本間獨(dú)特CDR3氨基酸序列計(jì)算樣本間文庫(kù)的相關(guān)性和相似性（圖4），評(píng)估比較樣本組間獨(dú)特CDR3克隆多樣性差異（圖5）。
圖4.樣本間文庫(kù)的相關(guān)性
圖5.樣本組間獨(dú)特CDR3克隆多樣性差異
8）樣本間共有克隆分析：根據(jù)樣本間獨(dú)特CDR3氨基酸序列計(jì)算樣本共有VDJ基因組合及CDR3氨基酸序列的數(shù)量和比例（圖6、7、8）。
圖6.同一患者不同部位樣本V/D/J基因組合的共有克隆及所占比例
圖7. 同一患者不同部位樣本CDR3氨基酸序列共有克隆及所占比例
圖8.全部樣本中CDR3氨基酸序列共有克隆及所占比例
華銀免疫組庫(kù)高通量測(cè)序及分析技術(shù)優(yōu)勢(shì)：
1）由武漢大學(xué)、中山大學(xué)、南方醫(yī)科大學(xué)以及美國(guó)斯坦福大學(xué)研究人員組成的專業(yè)的研究和分析團(tuán)隊(duì)，保證研究結(jié)果的可信度和可重復(fù)性；
2）用免疫組庫(kù)擴(kuò)增最可靠的5′RACE法，保證結(jié)果的可靠性和后期研究的方便性；
3）用最優(yōu)選最可靠的擴(kuò)增和建庫(kù)試劑，保證組庫(kù)序列擴(kuò)增的保真性和擴(kuò)增效率；
4） 針對(duì)不同樣品類型（細(xì)胞、組織、全血），不同濃度梯度細(xì)胞數(shù)（100個(gè)以上淋巴細(xì)胞）均可建庫(kù)測(cè)序；
5） 運(yùn)用國(guó)際認(rèn)可的專業(yè)的免疫組庫(kù)分析模塊，并結(jié)合我們自己獨(dú)有的生物信息分析算法，所提供的標(biāo)準(zhǔn)化的分析流程即可滿足科研或臨床所需。另外我們還可提供數(shù)據(jù)的深度分析服務(wù)；
6） 根據(jù)項(xiàng)目研究目的不同，可選擇不同的測(cè)序平臺(tái)（MiSeq或HiSeq）和策略，從而節(jié)約經(jīng)費(fèi)，得到最滿意的性價(jià)比；
7） 可提供外周血單個(gè)核細(xì)胞（PBMC）的分離、特異性淋巴細(xì)胞的分選；
華銀高通量測(cè)序服務(wù)平臺(tái)自是廣東省唯一一家擁有豐富醫(yī)學(xué)背景提供科研高通量測(cè)序服務(wù)的企業(yè)。平臺(tái)已獲得CNAS ISO15189醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室國(guó)際質(zhì)量認(rèn)可、美國(guó)CAP實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，不僅可以提供可靠的測(cè)序數(shù)據(jù)，還可以量身定做的數(shù)據(jù)分析服務(wù)，為醫(yī)學(xué)科研疾病研究提供全方位服務(wù)，從上游的高通量篩選和下游的基因分子機(jī)制功能研究甚至到臨床轉(zhuǎn)化的合作，我們都可以參與提供貼心周到的服務(wù)。
目前華銀高通量測(cè)序服務(wù)平臺(tái)為推進(jìn)免疫組庫(kù)的臨床項(xiàng)目的研發(fā)與轉(zhuǎn)化應(yīng)用，為推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢測(cè)外包服務(wù)及相關(guān)醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的發(fā)展提供技術(shù)支持，對(duì)免疫組庫(kù)測(cè)序服務(wù)提供買三送一活動(dòng)，即向華銀送檢測(cè)序分析三個(gè)樣品，免費(fèi)獲贈(zèng)一個(gè)樣品服務(wù)。截止時(shí)間為7月30日。 服務(wù)詳情咨詢：董老師 020-38917464。
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